表面上看，《忍者印记》似乎只是一部纯粹的血腥杀人过关游戏，但是当你玩到游戏的大结局时，你就会发现，其实游戏的制作组真的是用心良苦。从游戏开始时一目了然的简单剧情直到最后的大结局，玩家会很突兀地发现，原本男主角老师浅井才是幕后最大的boss，而男主角在女主角的帮助之下，识破浅井的阴谋，并与浅井展开决斗。

　　这样的剧情可能也并不稀奇，但是游戏却很奇怪的给了你两个结局选择，杀死老师或者杀死女主角。这时如果我们回顾整个游戏剧情，你就会发现，从始至终游戏都在暗示着一个杯具的故事：忍者印记，印记，但凡拥有这个印记的人，会变得拥有强大的力量却疯癫而死，而男主角就是拥有这样一个印记的人，更不幸的是，男主角已经接近疯狂。而所谓的女主角，她只是男主角疯狂之后的另一种具现或者另一种人格（从游戏中女主角从未真正帮助过男主角就可以看出了）。

　　所以如果你选择了结局B，也就是杀死女主角的话，会发现最后变成了男主角自杀而死，而如果你选择结局A，杀死老师，也就是消灭了老师所在的整个氏族，这证明了男主角受到了印记的侵蚀，已经彻底疯了，变成了一个拥有强大力量却只知道杀戮的杀人机器。这也就是为什么明明这是一款血腥黑暗的忍者刺杀游戏，开发商却提议不杀一人的通关，因为不管你怎么选择，故事一开始就已经注定了杯具。

　　双结局视频：