《地铁：最后的曙光》存在两种通关结局，通过类似前作的道德评判系统来决定，许多玩家第一次通关时很难注意到这方面的影响。游戏中的道德评分系统是隐藏的，不过当你选择正确的时候会有白光闪现的提示。此外在整个单人战役中，有些抉择会导致扣分。

隐藏结局：在主角即将开启炸弹引爆D6跟敌人同归于尽时候，黑怪小孩出现了，告诉主角现在不必这么做。因为他带领他的家人们来了。大批苏醒的幸存黑怪出现将敌人杀的一干二净！后面交代了下主要人物后来的故事，由于是E文有些看不懂。米勒将军腿断了，貌似成了总指挥。可汗失踪，不过临走前跟主角说了什么。黑怪们离开了D6去自己的家园了，最后依旧是小黑怪还太阳下回头挥手告别，只不过这次是跟主角在告别。